Die Zulassungsbescheinigung hat gegenüber den bisherigen Dokumenten einige Vorteile. So ist es zum Beispiel schwieriger, sie zu fälschen. Außerdem sind alle Fahrzeugdaten kompakt, einheitlich und übersichtlich dargestellt. Dennoch werden bisweilen auch Nachteile kritisiert.
Ein häufiger Kritikpunkt ist, dass in der Zulassungsbescheinigung Teil 2 nur noch der aktuelle und der vorherige Halter vermerkt werden können. Der Fahrzeugbrief bot hingegen Platz für bis zu sechs (ehemalige) Halter. Wenn der Halter eines Fahrzeugs mehrfach wechselt, muss nach zwei Wechseln einerseits eine neue Zulassungsbescheinigung Teil 2 ausgestellt werden, was mit Kosten verbunden ist. Zum anderen lässt sich anhand des Dokuments nicht nachvollziehen, wie viele Halter das jeweilige Fahrzeug bereits gehabt hat. Das erschwert es, den Wert eines gebrauchten Fahrzeugs zu beurteilen.
Ein anderer Kritikpunkt bezieht sich auf die Felder 15.1 bis 15.3 der Zulassungsbescheinigung Teil 1. Hier ist nur noch Platz für die Angabe einer einzigen zulässigen Bereifung (je Achse). Dennoch sind andere Bereifungen erlaubt, nämlich alle, die im Rahmen der jeweiligen EG-Typgenehmigung zulässig sind. Informationen dazu finden sich in den oben bereits erwähnten COC-Papieren, die jedoch nicht jeder Fahrzeughalter vorliegen hat.